Stiftelsen för forskning inom områden med anknytning till Östersjöregionen och Östeuropa (Östersjöstiftelsen) bildades av den svenska regeringen år 1994. Östersjöstiftelsen har till uppgift att stödja forskning och utbildning vid Södertörns högskola. Stiftelsen har sedan tillkomsten finansierat forskning, forskarutbildning och uppbyggnaden av en akademisk infrastruktur vid Södertörns högskola. En stor del av beviljade medel har anslagits till olika forskningsprojekt inom framför allt humaniora och samhällsvetenskap, men under senare år har även naturvetenskapliga projekt främst med inriktning mot miljöfrågor beviljats.