Polarforskningssekretariatet har drygt 30 anställda som arbetar med forskningsplanering, forskningsplattformar, kommunikation och verksamhets- och ledningsstöd. Chef för myndigheten är Björn Dahlbäck.

Från och med den 1 januari 2008 är sekretariatet en enrådighetsmyndighet, vilket innebär att myndighetschefen är ansvarig för verksamheten. Regeringen har utsett ett insynsråd som ska utöva insyn i verksamheten och ge myndighetschefen råd.