Marinbasens övergripande uppgift är att stödja de marina förbanden med bland annat teknisk tjänst, transporter, basering, bevakning och logistik, både hemma och utomlands. Marinbasen har sitt huvudsäte i Karlskrona, men bedriver verksamhet där behov finns, exempelvis på Muskö och i Berga söder om Stockholm och i Göteborg.