Värnamo Alliansförsamling är ansluten till Svenska Alliansmissionen (SAM) och är dess fjärde största församling.

SAM:s verksamhet i värnamobygden började i slutet av 1850-talet genom Jönköpings Traktatsällskaps kolportörer och från 1860 genom Jönköpings Missionsförenings predikanter. Dessa rötter har församlingen gemensamt med Värnamo Missionsförsamling, som under 1900-talets första årtionden alltmer orienterade sig mot Svenska Missionsförbundet.